Quando criança, Molly presenciou a abordagem de dois agentes do MIB aos seus pais, apagando a memória deles acerca da súbita aparição de um ser extraterrestre.
Nesta continuação que se passa cinco anos após Godzilla (2014), os integrantes da agência Monarch precisam lidar com a súbita aparição de vários monstros.
A trajetória de como o tímido Reginald Dwight se transformou em Elton John, ícone da música pop.
